Research publications
2024(学会誌・雑誌等における論文掲載)
2024(学会等における口頭・ポスター発表)
-高橋英男,戸丸辰也,平野敏行,田原才静,佐藤文俊,“化学反応シミュレータの研究開発と将来展望”,ワークショップ: 力学の未来(量子化学分野:量子コンピューティング),東京大学(東京),2024.
2023(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊,平野敏行,“タンパク質の正準分子軌道計算シミュレーション”,シミュレーション,42巻,PP.115-121(2023).
- 小杉亨,平野敏行,田原才静,佐藤文俊,“がん抑制因子p53 の転写活性化ドメイン由来ペプチドとMDM2 タンパク質複合体の電子構造解析”,生産研究,75巻,PP.123(2023).
2023(学会等における口頭・ポスター発表)
- 小杉亨,“p53由来ペプチドと結合したMDM2タンパク質の 電子構造に関する研究”,第5回NPEM研究報告会,東京大学(東京)オンライン,2023. -Zheng Haojie,平野敏行,田原才静,佐藤文俊,“Electronic structure of insulin and its analogues bound to IGF-1 receptor by canonical molecular orbital calculations”,第25回理論化学討論会,資生堂 S/PARKホール(横浜市),2023. -Zheng Haojie, Hirano Toshiyuki, Tahara Saisei, Sato Fumitoshi,“Insight into electronic structure of insulin analogues bound to IGF-1 receptor by quantum-chemistry calculation”,Bio UT 2023,東京大学(東京),2023. -植弘雄斗,平野敏行,田原才静,佐藤文俊,“アミロイド線維コアおよび細胞内天然型プリオンの電子構造研究”,第17回分子科学討論会2023,大阪大学 豊中キャンパス,2023. -平野敏行,Zheng Haojie,佐藤文俊,“軌道重なり法を用いたタンパク質正準分子軌道計算解析法の研究”,第17回分子科学討論会2023,大阪大学 豊中キャンパス,2023. -Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato,“Principal Component Analysis of Energies Derived from Canonical Molecular Orbital Calculations of Proteins”,ICNAAM2023,Crete(Greece),2023.
2022(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊,“分子軌道法によるタンパク質のシミュレーション”,機械の研究(2022).
- 王天宇,平野敏行,佐藤文俊,“Study on the Role in the Catalytic Reaction Occurrence of the Active Site in PETase by Canonical Molecular Orbital Method”,生産研究,74巻,2号,PP.161-167(2022).
- 中岡亮太,平野敏行,佐藤文俊,“インターフェロン α2 の電子状態に基づく 作用機序の研究”,生産研究,74巻,2号,PP.153-159(2022).
- Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato,“Study on Analysis Approach of Canonical Molecular Orbital Calculation in Large-scale Molecular System”,ICCMSE2022 proceedings,.
2022(学会等における口頭・ポスター発表)
- 中岡亮太,“インターフェロンα2の電子状態に基づく作用機序の研究”,第3回NPEM研究報告会,東京大学(東京)オンライン,2022.
- 王天宇,“Study on the Role in the Catalytic Reaction Occurrence of the Active Site in PETase by Canonical Molecular Orbital Method”,第3回NPEM研究報告会,東京大学(東京)オンライン,2022.
- 平野敏行,佐藤文俊,“大規模正準分子軌道計算の実情と今後”,令和4年電気学会 基礎・材料・共通部門大会,西之表市民会館(鹿児島),2022.
- 平野敏行,佐藤文俊,“ACE2におけるスパイクタンパク質結合部位の電子状態”,第16回分子科学討論会2022, 慶應義塾大学(横浜),2022.
- Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato,“Study on Analysis Approach of Canonical Kohn-Sham Molecular Orbital Calculation in Large-scale Molecular System”,ICCMSE2022,Crete (Greece),2022.
2021(学会誌・雑誌等における論文掲載)
-S.Ogawa,H.Shimidzu,K.Fukuda,N.Tsunekawa,T.Hirano,F.Sato,K.Yura,T.Hasunuma,K.Ochi,M.Yamamoto,W.Sakamoto,K.Hashimoto,H.Ogata,T.Kanao,M.Nemoto,K.Inagaki,T.Tamura,“Multiple mutations in RNA polymerase β-subunit gene (rpoB) in Streptomyces incarnatus NRRL8089 enhance production of antiviral antibiotic sinefungin: modeling rif cluster region by density functional theory”,Bioscience,Biotechnology,and Biochemistry,Vol.85,No.5,pp.1275-1282(2021).
- Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato,“Theoretical Study of The Receptor-Binding Domain of Spike Protein of SARS-CoV-2 by Canonical Molecular Orbital Calculation”,AIP conference proceedings.
- 前田大陸,平野敏行,佐藤文俊,“正準分子軌道計算による光活動性黄色タンパク質の電子構造解析”,生産研究,73巻, 3号,pp.157-163(2021).
2021(学会等における口頭・ポスター発表)
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi Sato,“Orchestration software for canonical Kohn-Sham molecular orbital calculation of proteins: QCLObot”,Pacifichem 2021,online,2021.
- 佐藤文俊,平野敏行,“大規模正準分子軌道計算によるタンパク質の電子構造解析”,NPEM公開シンポジウム,東京大学(東京),2021.
- 中岡亮太,平野敏行,佐藤文俊,“正準分子軌道計算によるインターフェロンα2の電子状態解析”,第15回分子科学討論会,北海道大学(札幌),2021.
- 平野敏行,坂口優羽,佐藤文俊,“新型コロナウイルスRNA結合ドメインの電子状態”,第15回分子科学討論会,北海道大学(札幌),2021.
- 王天宇,平野敏行,佐藤文俊,“正準分子軌道法によるPETase活性中心の電子状態についての研究”,第15回分子科学討論会,北海道大学(札幌),2021.
- 平野敏行,“新型コロナウイルスRNA結合ドメインの電子状態”,第2回NPEM研究報告会,東京大学(東京),2021.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato,“Theoretical study of the receptor-binding domain of spike protein of SARS-CoV-2 by canonical molecular orbital calculation”,ICCMSE2021,Crete(Greece),2021.
- 前田大陸,“正準分子軌道計算による光活動性黄色タンパク質の電子構造解析”,第1回 NPEM研究報告会,東京大学(東京)オンライン,2021.
2020(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐々木光,平野敏行,佐藤文俊,”インスリン様成長因子1とインスリンの電子構造の比較”,生産研究, Vol. 72, No. 3, pp. 239 (2020).
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“Interaction Energy Analysis Based on Canonical Kohn- Sham Molecular Orbitals Calculation of Protein”,AIP Conference Proceedings.
2020(学会等における口頭・ポスター発表)
- 前田大陸, 平野敏行, 佐藤文俊,“正準分子軌道計算による光活動性黄色タンパク質の電子構造解析 “,第14回分子科学討論会, 名オンライン討論会, 2020.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“Interaction Energy Analysis Based on Canonical Kohn- Sham Molecular Orbitals Calculation of Protein”,ICCMSE2020,2020.
2019(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 江口晴輝,平野敏行,佐藤文俊,”棄却法を用いたタンパク質分子軌道の雲状可視化法の研究”,Journal of Computer Chemistry, Japan, Vol. 17, No. 5, pp. 189–192 (2018)
- 江口晴輝,平野敏行,佐藤文俊,”タンパク質分子軌道の棄却法による雲状可視化法の研究 ”,生産研究, Vol. 71, No. 4, pp. 769–773 (2019)
- Shingo Hattori, Stefaan Vandendriessche, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, Guy Koeckelberghs, Thierry Verbiest, Kazuyuki Ishii,”Molecular Power Spring: Circular Dichroism Inversion of Polythiophene Aggregates from the Right-Handed Helix to Left-Handed Helix”,Journal of Physical Chemistry, B,Vol. 123, pp. 2925-2929 (2019)
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“Recent progress of protein canonical molecular orbital calculation by the third generation density functional method”,AIP Conference Proceedings 2186, 030009 (2019)
2019(学会等における口頭・ポスター発表)
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“Recent Progress of Protein Canonical Molecular Orbital Calculation by the Third Generation Density Functional Method”,ICCMSE2019, Greece, 2019.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,” Interaction energy analysis based on canonical Kohn-Sham molecular orbital calculation of protein”,DFT2019, Alicante, Spain, 2019.
- 平野敏行,佐藤文俊,“タンパク質カノニカル分子軌道計算における相互作用解析の研究”,第13回分子科学討論会, 名古屋大学(名古屋), 2019.
- 佐々木光, 平野敏行, 佐藤文俊,“インスリン様成⻑因⼦1の電⼦状態の研究”,第13回分子科学討論会, 名古屋大学(名古屋), 2019.
- 平野敏行,佐藤文俊,“Analyzing intramolecular interaction using canonical Kohn-Sham molecular orbital calculation in protein”,CBI学会2019年大会, タワーホール船堀(東京), 2019.
- 佐藤文俊,“分子軌道計算を用いたタンパク質の設計”,LOOK東大 “CO2削減技術デー”, 東京大学(本郷キャンパス), 2019.
2018(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 平野敏行,佐藤文俊,“大規模分子設計における電子状態計算法と期待”,放電研究, 61(2018), 13.2018
2018(学会等における口頭・ポスター発表)
- 平野敏行,“大規模分子設計における電子状態計算法と期待”,2018年度 放電学会シンポジウム,東京大学(本郷キャンパス),2018.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“Automated Canonical Molecular Orbital Calculation Engine for Protein: ProteinDF/QCLObot”,ICQC2018,Menton,France,2018.
- 平野 敏行, 佐藤 文俊,“GPUを用いた大規模電子状態計算プログラムProteinDFの高速化”,第12回分子科学討論会,九州大学(福岡国際会議場),2018.
- 江口晴輝,平野敏行,佐藤文俊,“雲状モデルによるタンパク質分子軌道の新規可視化手法の研究”,日本コンピュータ化学会2018秋季年会,弘前大学,2018.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,“GPU acceleration of a canonical molecular orbital calculation program by the third-generation density-functional-theory-based method”,The 59th Sanibel Symposium,University of Floruda, USA, 2019.
- 三宅 弘晃, 熊田 亜紀子, 小迫 雅裕, 佐藤 正寛, 平野 敏行,“直流絶縁技術のブレークスルーに向けた計算科学を活用した絶縁材料設計手法の創成”,パワーアカデミー研究助成 2019年成果報告会,北海道大学(A棟308),2019.
2017(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Computational study on hole conduction in normal alkanes: anisotropy and effect of dynamic disorder”, Applied Physics Letters 2017, 110, Issue 9, 092903.
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊,” ポリエチレンのモルフォロジーに基づいた正孔移動度の多階層性評価”, 生産研究, 69 (2017) No. 3 p. 107-113.
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “量子化学計算を用いた液体ヘキサン中正孔移動の検討”, 電気学会論文誌A, 137(2017), No.7, pp. 435-441.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato,” Study of high-performance canonical molecular orbitals calculation for proteins”, AIP Conference
2017(学会等における口頭・ポスター発表)
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi SATO,” Study of High-Performance Canonical Molecular Orbitals Calculation for Proteins”, International symposium: Computational Chemistry (CC) in ICCMSE2017,2017.
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato,” Computational insights into carrier transfer and injection in liquid organic insulators”, IEEE International Conference on Dielectric Liquids 2017, Manchester, United Kingdom,2017.
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato,” Quantum chemical analysis of the effect of impurities on carrier transfer properties in polyethylene”, 2017 20th International Symposium on High Voltage Engineering, Buenos Aires, Argentina, 2017.
- 平野敏行,佐藤文俊, “カノニカル分子軌道計算によるインフルエンザM2タンパク質の電子構造”, 分子科学討論会2017,東北大学(川内北キャンパス),2017.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “QCLObot: an automation engine of canonical MO calculation in proteins”, CBI学会2017年大会,タワーホール船堀, 2017.
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Current-transient Simulation of Polyethylene by First Principles”, 2017 IEEE Conference on Electrical Insulation and Dielectric Phenomena, Hilton Fort Worth Front Worth, Texas, USA, 2017.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Development of Molecular Orbitals Calculation Applications for Proteins”, International Workshop on Massively Parallel Programming for Quantum Chemistry and Physics 2018,理化学研究所 仁科ホール,2018.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Electronic structure of the active site on glucose oxidase by using canonical molecular orbital calculation”, The 58th Sanibel Symposium, University of Floruda, USA, 2018.
2016(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Takashi Tamura, Naoki Tsunekawa, Michiko Nemoto, Kenji Inagaki, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Molecular evolution of gas cavity in [NiFeSe] hydrogenases resurrected in silico”, Scientific Reports, 6:19742, (2016).
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Computational Study of Excess Electron Mobility in High-Pressure Liquid Benzene”, Phys. Chem. C 2016, 120, 8490−8501(2016).
- 佐藤文俊, “工学とバイオ研究特集に際して”, 生産研究, 68 (2016) No. 3 p. 181(2016).
- 金泰煥,平野敏行,佐藤文俊, “カノニカル分子軌道計算に基づく線形回帰法を用いたタンパク質原子電荷の開発”, 生産研究, 68 (2016) No. 3 p. 213-217(2016).
- 紀平昌吾,平野敏行,佐藤文俊, “量子化学計算によるオキシトシンの安定構造に関する研究”, 生産研究, 68 (2016) No. 3 p. 219-223(2016).
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “ポリエチレンにおける正孔輸送シミュレーション”, 生産研究, 68 (2016) No. 3 p. 225-229(2016).
- 居駒幹夫,高橋英男,西村勝彦,平野敏行,恒川直樹,佐藤文俊, “非情報系の学生を対象としたソフトウェア開発演習の設計と改善”, 研究報告情報システムと社会環境(IS), 2016-IS-137,2,1-8,(2016).
- 佐藤文俊,居駒幹夫, “2016年度「実践的シミュレーションソフトウェア開発演習」”, スーパーコンピューティングニュース, 18, No.5, (2016).
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “第一原理計算を用いた結晶ポリエチレン中の正孔移動度の評価”, 電気学会論文誌A(基礎・材料・共通部門誌), 136 (2016) No. 9 p.561-567(2016).
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Quantum Chemical Calculation of Hole Transport Properties in Crystalline Polyethylene”, IEEE Transactions on Dielectrics and Electrical Insulation, 23, Issue 5, pp. 3045-3052(2016).
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Can Classical Marcus Theory Describe Hole Transfer in Polyethylene?”, IEEE Transactions on Dielectrics and Electrical Insulation, 23, Issue 5, pp. 2978-2984(2016).
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Computational study on hole conduction in normal alkanes: anisotropy and effect of dynamic disorder”, Phys. Lett., Vol. 110, Issue 9, 092903(2017).
2016(学会等における口頭・ポスター発表)
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Computational Study on Electron Mobility in Liquid Benzene”, 2016 IEEE ICD Montopellier,France, 2016.
- 居駒幹夫,高橋英男,西村勝彦,平野敏行,恒川直樹,佐藤文俊, “非情報系の学生を対象としたソフトウェア開発演習の設計と改善”, 2016 日本情報処理学会 第137回情報システムと社会環境研究発表会 公立はこだて未来大学 583教室, 2016.
- 平野敏行,佐藤文俊, “罰則付き回帰法に基づくタンパク質原子電荷の計算と性質”, 第39回ケモインフォマティクス討論会, 静岡大学(浜松), 2016.
- 平野敏行,佐藤文俊, “グリッドフリー密度汎関数計算におけるエネルギー勾配計算”, 第10回分子科学討論会, 神戸ファッションマート(神戸), 2016.
- 平野敏行,佐藤文俊, “グルコースオキシダーゼ反応機構の理論研究”, 第3回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会, コクヨホール(東京) , 2016.
- Masahiro Sato, Akiko Kumada, Kunihiko Hidaka, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Multi-scale Computational Evaluation of Hole Mobility in Amorphous Polyethylene”, 2016 IEEE CEIDP Tronto,Canada, 2016.
- 平野 敏行,佐藤 文俊, “グルコースオキシダーゼ反応機構の理論研究”, 第3回HPCI成果報告会コクヨホール、東京, 2016.
- 佐藤文俊, “計算生命科学のための量子化学基礎”, 計算生命科学の基礎Ⅲ 神戸大学計算科学教育センター セミナー室208, 2016.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “A theoretical study of glucose oxidase using canonical molecular orbital calculation”, The 57th Sanibel Symposium Simons Island, GA, 2017.
- 居駒幹夫, 高橋英男, 恒川直樹, 西村勝彦, 平野敏行, 佐藤文俊, “非情報系学生を対象とした ソフトウェア開発演習の設計と継続的改善”, ISECON 2016, 東京電気大学,2016.
- 田村隆, 中島佑里子, 平野敏行, 佐藤文俊, 根本理子, 稲垣賢二, “放線菌 incarnatusのRNAポリメラーゼ多重変異の分子構造モデル”, 日本農芸化学会2017, 京都女子大学,2017.
- 佐藤文俊, 平野敏行, “タンパク質の美しき電子の世界”, 日本農芸化学会2017, 京都女子大学,2017.
2015(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊, “工学とバイオ研究特集に際して”, 生産研究, Vol 67, (2015), No.3, p.245 (2015) 5月, (2015).
- 吉田洵也, 平野敏行, 佐藤文俊, “QCLO法によるグルコースオキシダーゼ活性中心の電子状態計算”, 生産研究, Vol 67, (2015), No.3, p.265-272(2015) 5月, (2015).
- 佐藤文俊, “教育利用講義報告:「実践的シミュレーションソフトウェア開発演習」”, スーパーコンピューティングニュース, 17, (2015),No.5, pp47-49(2015) 9月,(2015).
- 佐藤文俊, “序文”, フトウェア開発実践: 科学技術シミュレーションソフトの設計, (2015) 11月,(2015).
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “第一原理計算を用いた結晶ポリエチレン中の正孔移動度の評価”, 電気学会論文誌A (特集号), 136(2016)No.9, p632-634, (2016).
- Sato, A. Kumada, K. Hidaka, T. Hirano, F. Sato, “Can Marcus Theory Describe Hole Transfer in Polyethylene?”, IEEE Trans. Dielectr. Electr. Insul., Vol.23, Issue: 5, p2978 – 2984, (2016).
- Sato, A. Kumada, K. Hidaka, T. Hirano, F. Sato, “First-principles calculation of hole transport properties in crystalline polyethylene”, IEEE Trans. Dielectr. Electr. Insul., (2016).
2015(学会等における口頭・ポスター発表)
- 平野敏行,佐藤文俊, “大規模カノニカル分子軌道計算プログラム ProteinDF の開発と応用”, 第6回 ProteinDF, ABINIT-MP ユーザ会,2015.
- 金泰煥,平野敏行,佐藤文俊, “機械学習を用いたカノニカル分子軌道計算に基づく新規タンパク質形式電荷に関する研究”, 第18回理論化学討論会 大阪大学(豊中キャンパス)大阪大学会館, 2015.
- 平野敏行,佐藤文俊, “自由なフラクグメント分割可能な QCLO 法プログラムの開発”, 理論化学討論会(大阪),2015.
- 佐藤文俊,平野敏行, “量子分子生物学 春秋に富む”, 第15回 東京大学生命科学シンポジウム(東京大学),2015.
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “量子化学計算を用いたポリエチレン中のホール輸送特性の一検討”, 第46回電気電子絶縁材料システムシンポジウム(九州工業大学キャンパス),2015.
- 金泰煥,平野敏行,佐藤文俊, “線形回帰法を用いたタンパク質原子電荷に関する研究”, 第9回分子科学討論会,東京工業大学(大岡山キャンパス),2015.
- 紀平昌吾,平野敏行,佐藤文俊, “大規模分子の構造最適化の収束法に関する研究”, 第9回分子科学討論会,東京工業大学(大岡山キャンパス),2015.
- 平野敏行,王 笛申,佐藤 文俊, “第三世代密度汎関数計算法の進展”, 第9回分子科学討論会,東京工業大学(大岡山キャンパス),2015.
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “密度汎関数法を用いたポリエチレン中の正孔移動度の一検討”, 第9回分子科学討論会,東京工業大学(大岡山キャンパス),2015.
- 佐藤文俊, 平野敏行, “Development of a new algorithm of canonical molecular orbitals calculation based on density functional theory for massively distributed memory parallel computers”, ISM HPCCON 2015,統数研,2015.
- 平野敏行, “量子化学シミュレーションで 観察するタンパク質”, 東海コンファレンス, 信州大学, 2015.
- Sato, A. Kumada, K. Hidaka, T. Hirano, F. Sato, “Determination of Hole Mobility in Polyethylene : First Principle Calculation Based on Marcus Theory”, IEEE Conf. on Electr. Insul. Dielectr. Phenomena ,Ann Arbor, MI, USA, 2015.
- 平野敏行,佐藤文俊, “グルコースオキシダーゼ反応機構の理論研究”, HPCI成果報告会,東京 日本科学未来館,2015.
- 佐藤文俊, “計算生命科学のための量子化学基礎”, 計算生命科学の基礎講義, 神戸大学,2015.
- 平野敏行, “分散メモリ型超並列計算機に向けた 大規模カノニカル分子軌道計算法の開発”, High Performance Computing Chemistry (HPCC) - 2015 -,神戸 理化学研究所 計算科学研究機構(RIKEN AICS)1階セミナー室,2015.
- 金泰煥,平野敏行,佐藤文俊, “線形回帰法を用いた新規タンパク質原子電荷に関する研究”, 第7回 ProteinDF ABINIT-MP ユーザ会,東京大学生産技術研究所,2015.
- 平野敏行,佐藤文俊, “効率的なタンパク質カノニカル分子軌道計算を目指して”, 第7回 ProteinDF ABINIT-MP ユーザ会, 東京大学生産技術研究所,2015.
- 佐藤文俊, “ここまで来たタンパク質の量子化学計算”, 東大精研会 ビジネス研究会,東京大学,2015.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “A Third-generation Density Functional Calculation Program: ProteinDF”, Pacifichem2015, 米国(Hawaii),2015.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “An effective grid-free approach based on the third-generation density-functional-theory calculation method”, The 56th Sanibel Symposium, 米国(St. Simons Island, GA),2016.
- 佐藤正寛,熊田亜紀子,日高邦彦,平野敏行,佐藤文俊, “液体ベンゼンにおける過剰電子移動度の見積り”, 平成28年電気学会全国大会,東北大キャンパス,2016.
2014(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Hirano, F. Sato, “A third-generation density-functional-theory-based method for calculating canonical molecular orbitals of large molecules”, Phys. Chem. Chem. Phys.2014.
- 樋口恒, 平野敏行, 佐藤文俊, “グリッドフリー交換相関項計算法の実用化に向けた研究”, 生産研究,66巻, 3号, p.291-297 (2014) 5月,
- 佐藤文俊, “タンパク質の設計”, ナノ・マイクロスケール機械工学, 1.2, pp.221-225 (2014) 3月,2014.
- 佐藤文俊, “序文, 本書の歩き方”, ソフトウェア開発入門: シミュレーションソフト設計理論からプロジェクト管理まで, 1-6 (2014) 4月,2014.
2014(学会等における口頭・ポスター発表)
- 佐藤文俊, 平野敏行, “ProteinDFの高度化と普及展開”, 文部科学省「HPCI戦略プログラム」分野4次世代ものづくり第1回統合ワークショップ,東京大学生産技術研究所,2014.
- 平野敏行, 佐藤文俊, “次世代スーパーコンピュータに向けたタンパク質の電子状態シミュレーション”, 東京大学生命科学シンポジウム2014,東京大学,2014.
- 吉田洵也,平野敏行,佐藤文俊, “酸化型グルコースオキシダーゼの電子状態”, 第17回理論化学討論会,名古屋大学ES総合館,2014.
- 王笛申,平野敏行,佐藤文俊, “コレスキー分解を用いた大規模電子状態計算の効率的な計算法の開発”, 第17回理論化学討論会,名古屋大学ES総合館,2014.
- 佐藤文俊, “生体分子のための 第3世代密度汎関数法の開発”, スーパーコンピュータ「京」と生命科学シンポジウム,岡山大学,2014.
- 佐藤文俊,平野敏行, “タンパク質の全電子量子化学シミュレーション”, 転写サイクル合同班会議2014,山梨県石和温泉,2014.
- 佐藤文俊, “ProteinDFの紹介”, ProteinDF利用講習会,東京大学生産技術研究所,2014.
- 平野敏行,佐藤文俊, “グリッドフリー密度汎関数計算法の進展”, 第8回分子科学討論会,広島大学東広島キャンパス,2014.
- 金泰煥,平野敏行,佐藤文俊, “カノニカル分子軌道計算にもとづくタンパク質のRESP電荷の研究”, 第8回分子科学討論会,広島大学東広島キャンパス,2014.
- 吉田洵也,平野敏行,佐藤文俊, “Study on QCLO method for canonical molecular orbital calculation of cofactor-containing protein”, CBI学会,タワーホール船堀,2014.
- 佐藤文俊, “計算生命科学のための量子化学基礎”, 計算生命科学の基礎講義,神戸大学,2014.
- Nakata, K, Ishimura, T. Hirano, J. Hammond, “QuantumChemistry500”, SC14,New Orleans,LA,2014.
- Hirano, “Development of a 3rd Gen DFT program: ProteinDF”, 4th International Workshop on Massively Parallel Programming Now - Toward post-K computers,2014.
- 佐藤文俊, “タンパク質量子化学計算がもたらす未来”, 実験・理論科学と計算科学の融合シンポジウム,岡山理科大,2014.
- 佐藤文俊,平野敏行, “大規模計算科学/化学の現状”, 第2回計算科学/化学の学習会,東京大学本郷キャンパス,2015.
2013(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Kouji Chiba, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, and Masahiro Okamoto, “Clarification of the Role of Protein in Carbonmonoxy Myoglobin by Investigating Electronic States”, International Journal of Quantum Chemistry, 2013, 113, 2345–2354,2013.
- 阿部敏彦,関根義人,佐藤文俊, “残差切除法によるCoupled Perturbed方程式の解法”, 「工学とバイオ」 特集号,2013.
2013(学会等における口頭・ポスター発表)
- 樋口恒, “グリッドフリー交換相関計算法の精度に関する研究”, 第16回理論化学討論会,福岡市健康づくりサポートセンター(あいれふ),2013.
- 佐藤文俊, “「ProteinDF」の成果報告と今後の展開”, イノベPJ最終成果報告会,東京大学生産技術研究所,2013.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “ProteinDF: Application Program Designed to Perform All-electron Canonical Molecular Orbital Calculation of Macromolecule”, International Symposium on Atomistic Modeling for Mechanics and Multiphysics of Materials (ISAM4), 東京大学生産技術研究所,2013.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Development of the unbiased density functional method for massively parallel computing”, 15th International Conference on Density Functional Theory and its Applications, Durham UK,
- 平野敏行,樋口恒,佐藤文俊, “コレスキー分解を用いたグリッドフリー密度汎関数計算の研究”, 第7回分子科学討論会,京都,2013.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “多中心数値積分の精度向上を目指した球面積分法の提案”, 第7回分子科学討論会,京都,2013.
- 平野敏行, “光合成反応中心タンパク質の電子移動反応特性に関する理論的研究”, 平成 25 年度「京」を中核とする HPCI システム利用研究課題 中間報告会,東京大学生産技術研究所,2013.
- 佐藤文俊, “生体分子の革新的なシミュレーション”, 工学とバイオ, 中央水研,2013.
- 佐藤文俊,小沢知永, “タンパク質の電子状態を解き明かす超大規模量子化学計算への期待と ユーザー会の活動報告”, 日本分子生物学会,神戸,2013.
- 平野敏行,佐藤文俊, “量子化学シミュレーションによるタンパク質電子構造の解明”, 第36回日本分子生物学会年会,神戸,2013.
- 千葉貢治,平野敏行,佐藤文俊,岡本正宏, “全電子カノニカル計算のヘムタンパク質への適用”, 第36回日本分子生物学会年会,神戸,2013.
- Yuetsu Kikuta,Junichi Matsuda, Hideo Takebayashi,Shigeki Hiramatsu,Kenji Goto,Masahito Taniguchi,Katsumasa Sato,Arata Hagikura,Yoshimasa Morimoto,Hiroki Yamane,Seiichi Haruta, “Diagnostic Efficiency of Instantaneous Wave-Free Ratio and Vasodilation Modification of the Ratio Between Pd and - Pa During Resting Wave-Free Period”, 第78回日本循環器学会学術集会,東京国際フォーラム,2014.
2012(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊, “多様化と遊び心”, アドバンスシミュレーション特集号,2012.
- 黒田敬史,平野敏行,佐藤文俊, “[Ni-Fe]型及び[Ni-Fe-Se]型ヒドロゲナーゼ活性部位の電子状態の研究”,生産研究,第64巻,第3号,pp.345-350,2012.
- 堀将人,平野敏行,佐藤文俊, “計算化学によるRuBisCOカルボキシラーゼ反応の重要なステップと活性部位のアミノ酸残基の役割に関する研究”,生産研究,第64巻,第3号351-357,2012.
- 下向智美,千葉貢治,松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “タンパク質の全電子波動関数と状態密度解析”, 可視化情報学会学会誌,32 No.127, pp.132-137,2012.
- Toshihiko Abe, Yoshihito Sekine, Fumitoshi Sato, “Solving a coupled perturbed equation by the residual cutting method”, Chemical Physics Letters, 557, Issue 5, pp. 176-181,2012.
2012(学会等における口頭・ポスター発表)
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “大規模密度汎関数計算における多中心数値積分の精度向上”, 文部科学省次世代スーパーコンピュータプロジェクト・ナノ分野グランドチャレンジ研究開発・ナノ統合拠点、次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発,神戸,2012.
- 佐藤文俊, “ProteinDFの開発状況と実証事例研究の報告”, イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」第4回 統合ワークショップ,東京大学生産技術研究所,2012.
- 平野敏行, “ユーザー会/コミュニティーの構想(プロジェクト終了後のProteinDF開発・サポート体制について”, イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」第4回 統合ワークショップ,東京大学生産技術研究所,2012.
- 平野敏行,佐藤文俊, “大規模生体分子の全電子カノニカル分子軌道計算に向けた超並列計算戦略”, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム,東京大学生産技術研究所,2012.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi Sato, “Development of Canonical Molecular-Orbital Computational Program for Proteins: ProteinDF”, The XIVth International Congress of Quantum Chemistry, Boulder,Colorado,USA,2012.
- 佐藤文俊, “ProteinDFの開発状況と実証事例研究の報告”, 2012年度第4回「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウム,東京大学生産技術研究所,2012.
- 平野敏行, “ProteinDFオープンソース化について”, 2012年度第4回「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウム,東京大学生産技術研究所,2012.
- 平野敏行,佐藤文俊, “CD法に基づくタンパク質全電子カノニカル分子軌道計算プログラムの開発”, 第6回分子科学討論会2012東京,東京大学本郷キャンパス,東京,2012.
- 阿部敏彦,関根義人,佐藤文俊, “残差切除法によるCoupled Perturbed 方程式の解法”,第6回分子科学討論会2012東京,東京大学本郷キャンパス,東京,2012.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “球面グリッドの回転による多中心数値積分の精度向上”, 第6回分子科学討論会2012東京,東京大学本郷キャンパス,東京,2012.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi Sato, “Cholesky decomposition method for canonical molecular orbital calculations of proteins”, JSST 2012 International Conference on Simulation Technology,Port Island,Kobe,JAPAN.,2012.
- 樋口恒,平野敏行,佐藤文俊, “コレスキー分解を用いたグリッドフリー密度汎関数計算法の研究”, 第35回情報化学討論会,広島大学学士会館レセプションホール,2012.
- Toshihiko Abe, Yoshihito Sekine, Fumitoshi Sato, “Applying the residual cutting method to a coupled perturbed equation”, 生命医薬情報学連合大会,タワーホール船堀,東京,2012.
- 平野敏行, “タンパク質全電子波動関数の 超並列計算戦略”, 第2回 力学シンポジウム,日本学術会議講堂,2012.
- 佐藤文俊, “タンパク質カノニカル分子軌道法ProteinDFの京対応版プログラムの公開”, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ISLiM)成果報告会,東京大学武田ホール,東京,2013.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “球面グリッドの回転によるDFT交換相関数値積分の精度向上”, 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ISLiM)成果報告会,東京大学武田ホール,東京,2013.
- 佐藤文俊, “タンパク質の新しいシミュレーション ~ 生体分子を素材としたモノづくりに向けて ~”, 計算科学フロンティア,北海道大学,札幌,2013.
- 平野敏行,佐藤文俊, “タンパク質全電子カノニカル分子軌道計算プログラムProteinDFの開発と応用”, 文部科学省「革新的ハイパフォーマス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」「グランドチャレンジ・アプリケーションの研究開発」公開シンポジウム、東京大学山上會舘,2013.
- 平野敏行, “光合成反応中心タンパク質の電子移動反応特性に関する理論的研究”, 平成24年度「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題中間報告会、イイノカンファレンスセンター,2013.
2011(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Fukui, Akari Kajihara, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, Noriyuki Suzuki, Hirotaka Nagao, “Synthesis and Characterization of Ethylbis(2-pyridylethyl)amineruthenium Complexes and Two Different Types of C–H Bond Cleavage at an Ethylene Arm”, Inorg Chem., 50, pp. 4713-24,2011.
2011(学会等における口頭・ポスター発表)
- 佐藤文俊, “ProteinDFによるタンパク質量子化学計算”, 先駆的科学計算に関するフォーラム2011,九州大学,福岡,2011.
- Naoki Tsunekawa,Fumitoshi Sato, “A New Procedure to Estimate ab initio Free Energies for a Biomolecular System in the Massively Parallel Computing Era”, 第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, 神戸,2011.
- Junichi Matsuda,Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato, “Validation and Investigation of Numerical Multicenter Integration Schemes for Large Scale Density Functional Calculation”, 第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, 神戸,2011.
- 佐藤文俊, “「ProteinDF」の開発状況と光合成反応中心タンパク質の全電子計算実現への挑戦”, 「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」第3回シンポジウム,東京,2011.
- 千葉貢治,岡本正宏,平野敏行,佐藤文俊, “一酸化炭素ミオグロビンの電子状態計算から 判明したタンパク質の役割”, 「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」第3回シンポジウム,東京,2011.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “ProteinDF: High Performance All-Electron Canonical Calculation Program for Proteins”, Ninth Triennial Congress of the WORLD ASSOCIATION OF THEORETICAL AND COMPUTATIONAL CHEMISTS, Santiago de Compostela, Spain,2011.
- Naoki Tsunekawa, Fumitoshi Sato, “Effectiveness of some approaches for ab initio free energy calculations using the parameterized force fields for sampling”, Ninth Triennial Congress of the WORLD ASSOCIATION OF THEORETICAL AND COMPUTATIONAL CHEMISTS, Santiago de Compostela, Spain,2011.
- Junichi Matsuda,Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato, “A Study of the Numerical Integral Scheme for Large-scale Density Functional Calculation”, The 14th International Density Functional Theory Conference (DFT11),Athens,Greece,2011.
- Fumitoshi Sato, “ProteinDF: Quantum Chemical Calculation on Proteins”, The 19th Computational Materials Design (CMD) Workshop, Osaka,2011.
- Toshihiko Abe, Toshiyuki Hirano, Hirotaka Tanimura, Fumitoshi Sato, “Applying residual minimization method to GIAO-CPHF equation convergence for calculation of nuclear magnetic shielding tensors”, ISTCP-VII WASEDA,2011, Waseda University, Tokyo, 2011.
- 平野敏行,恒川直樹,上村(西野)典子,佐藤文俊, “QCLO法に基づくタンパク質全電子シミュレーションプログラムの開発”, 第5回分子科学討論会2011札幌,札幌コンベンションセンター,北海道,2011.
- 阿部敏彦,平野敏行,谷村景貴,佐藤文俊, “核磁気遮蔽テンソル計算のための残差最小化法によるGIAO-CPHF方程式の解法”, 第5回分子科学討論会2011札幌,札幌コンベンションセンター,北海道,2011.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Massively parallel computation strategies for canonical molecular orbital calculations of proteins”, 30th JSST Annual Conference(JSST 2011), Tokai University Takanawa Campus, Tokyo, 2011.
- Naoki Tsunekawa, Fumitoshi Sato, “Verification of ab initio Free Energy Calculations Suitable for the Massively Parallel Computing Era”, 30th JSST Annual Conference(JSST 2011), Tokai University Takanawa Campus, Tokyo, 2011.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “大規模密度汎関数計算における多中心数値積分の研究”, 第34回情報化学討論会, 長崎大学, 長崎,2011.
- 佐藤文俊, “タンパク質カノニカル分子軌道法プログラムProteinDFの京コンピュータへの実装”, ISLiM成果報告会2011,東京,2011.
- 佐藤文俊, “タンパク質分子軌道計算プログラムProteinDFの開発と応用”, 11-1高分子計算機科学研究会,2011.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “超並列計算機時代の高精度平均力ポテンシャル解析”, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ライフ)公開シンポジウム, 神戸,2012.
- 平野敏行,佐藤文俊, “大規模生体分子の全電子カノニカル分子軌道計算に向けた超並列計算戦略”, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ライフ)公開シンポジウム, 神戸,2012.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “大規模密度汎関数計算における多中心数値積分の精度向上”, 文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ライフ)公開シンポジウム, 神戸,2012.
- 佐藤文俊, “ProteinDFの開発状況と実証事例研究の報告”, 「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」第4回統合ワークショップ,東京,2012.
2010(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 石川健太郎,平野敏行,佐藤文俊, “タンパク質全電子計算におけるモデル化学に関する研究”, 生産研究, 第62, pp.91-98,2010.
- Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Recommendation of All-Electron Calculation in the Theoretical Study of Polypeptides”, Peptide Science 2009,,2010.
2010(学会等における口頭・ポスター発表)
- 恒川直樹,佐藤文俊, “タンパク質系における再重法による高精度自由エネルギー計算”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ,横浜,2010.
- 上村典子,平野敏行,佐藤文俊, “シトクロムc3の全電子密度汎関数計算に関する研究”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ,横浜,2010.
- 佐藤文俊, “バイオ・ナノ分子特性シミュレータ ProteinDFの開発と普及”, 第2回統合ワークショップ文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」,東京,2010.
- 平野敏行, “ProteinDF System公開ソフトウェアの紹介”, 第2回統合ワークショップ文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」,東京,2010.
- 西村康幸,下向智美, “ProteinDFシステムのプリポスト処理機能の紹介”, 第2回統合ワークショップ文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発「イノベーション基盤シミュレーションソフトウェアの研究開発」,東京,2010.
- 平野敏行,佐藤文俊, “ProteinDFを用いた光合成反応中心タンパク質の電子状態計算”, 日本農芸化学会, 日本農芸化学会2010年度大会, 東京大学, 東京,2010.
- 佐藤文俊,千葉貢治,阿部敏彦,上村典子,下向智美,恒川直樹,西村康幸,松田潤一,石川健太郎,平野敏行, “密度汎関数法によるバイオ・ナノ分子特性 シミュレータの開発”, 日本農芸化学会, 日本農芸化学会2010年度大会, 東京大学, 東京,2010.
- 佐藤文俊, “全電子波動関数計算に基づく タンパク質の分子特性シミュレータの開発”, 日本シミュレーション学会, 第29回 日本シミュレーション学会大会,山形大学,米沢,2010.
- 平野敏行, 佐藤文俊, “光合成反応中心タンパク質複合体の全電子量子化学シミュレーション”, 日本シミュレーション学会, 第29回 日本シミュレーション学会大会,山形大学,米沢,2010.
- 平野敏行, “光合成反応中心タンパク質の電子状態計算”, 生命体統合シミュレーションサマースクール2010, 湘南国際村センター, 湘南,2010.
- 恒川直樹, “次世代スパコンのための自由エネルギー計算戦略”, 次世代生命体統合プロジェクト分子スケール研究会2010前期, 京都,2010.
- 平野敏行, “次世代スパコンのためのProteinDF超並列化戦略”, 分子スケール研究会,京都,2010.
- 佐藤文俊,平野敏行, “タンパク質量子化学計算の実力 ~高度新規酵素開発に向けて~”, 味の素,愛知,2010.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “生体分子の自由エネルギー計算におけるMMとQMとの相関について”, 分子科学会, 第4回分子科学討論会, 大阪大学豊中キャンパス, 大阪,2010.
- 平野敏行, 上村(西野) 典子, 佐藤文俊, “還元型シトクロムc3の全電子密度汎関数計算”, 分子科学会, 第4回分子科学討論会, 大阪大学豊中キャンパス, 大阪,2010.
- 阿部敏彦,平野敏行,佐藤文俊, “A system for calculating gauge-invariant NMR shielding for ProteinDF”, CBI学会2010年大会,CBI Annual Meeting 2010,学術総合センター 一ツ橋記念講堂,東京,2010.
- Yasuyuki Nishimura, Tomomi Shimomukai, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Development of the Biomolecular Modeling Environment for Quantum Chemical Calsulations”, CBI学会2010年大会,CBI Annual Meeting 2010,学術総合センター 一ツ橋記念講堂,東京,2010.
- 福井宗平,平野敏行,佐藤文俊,長尾宏隆, “エチルビス(2-ピリジルエチル)アミンルテニウム錯体とアジ化物イオンの反応によるニトロソルテニウム錯体の生成”, 錯体化学会, 第60回錯体化学討論会, 大阪国際交流センター, 大阪,2010.
- 松谷一弘,福井宗平,平野敏行,佐藤文俊,星野由雅,長尾宏隆, “クロロあるいはメトキソ配位子が三重に架橋した安定な混合原子価状態のルテニウム二核錯体の構造とTDDFT計算によるIVCTバンドの帰属”, 錯体化学会, 第60回錯体化学討論会, 大阪国際交流センター, 大阪,2010.
- 下向智美,西村康幸,平野敏行,佐藤文俊, “量子化学計算のための生体分子モデリング環境の開発”, 日本コンピュータ化学会2010秋季年会,長岡技術科学大学 講義棟2階,2010.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “大規模密度汎関数計算における多中心数値積分スキームの評価”, 日本化学会情報化学部会,第33回情報化学討論会2010徳島,徳島大学工学部 常三島キャンパス,徳島市,2010.
- Naoki Tsunekawa, Fumitoshi Sato, “Is it Possible to Couple QM and MM Hamiltonians for a Free Energy Calculation of Biomolecules?”, The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies, Honolulu, USA,2010.
- Toshiyuki HIRANO, Fumitoshi Sato, “Study of all-electron density functional calculation of photosynthesis reaction center”, The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies, Honolulu, USA,2010.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “超並列計算時代における生体分子のab initio自由エネルギー計算の試み”, 次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2010および第1回戦略プログラム5分野合同ワークショップ, 神戸,2011.
- 松田潤一,平野敏行,佐藤文俊, “大規模密度汎関数計算における多中心数値積分スキームの評価”, 次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2010および第1回戦略プログラム5分野合同ワークショップ, 神戸,2011.
- 佐藤文俊, “ProteinDFによるタンパク質量子化学計算”, 先駆的科学計算に関するフォーラム2011, 九州大学情報基盤研究開発センター,2011.
- Naoki Tsunekawa,Fumitoshi Sato, “A New Procedure to Estimate ab initio Free Energies for a Biomolecular System in the Massively Parallel Computing Era”, 理化学研究所 次世代計算化学研究開発プログラムISLiM 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第3回 バイオスーパーコンピューテ- ィングシンポジウム理化学研究所計算科学研究機構,神戸市ポートアイランド,2011.
- Junichi Matsuda,Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato, “Validation and Investigation of Numerical Multicenter Integration Schemes for Large Scale Density Functional Calculation”, 理化学研究所 次世代計算化学研究開発プログラムISLiM 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第3回 バイオ- スーパーコンピューティングシンポジウム理化学研究所計算科学研究機構,神戸市ポートアイランド,2011.
2009(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Yasuyuki Nishimura, Tamotsu Yoshihiro, Fumitoshi Sato , “ProteinEditor: An Integrated Environment for Quantum Chemical Simulation of Biomolecules”, ACM,2009.
- 湯川英宜,平野敏行,佐藤文俊, “GPUによるタンパク質高精度静電ポテンシャル計算の高速化”, 生産研究「工学とバイオ」特集号,2009.
- 佐藤文俊, “タンパク質量子化学計算”, 「超ペタスケール・コンピューティング」,2009.
- 平野敏行,千葉貢治,佐藤文俊, “タンパク質のための全電子密度汎関数法プログラムProteinDF”, 日本シミュレーション学会,2009.
2009(学会等における口頭・ポスター発表)
- 佐藤文俊, “タンパク質全電子計算と薬剤設計”, R-GIROシンポジウム”アンチセンスRNAによる発現調節機構と創薬への応用”,BKCエポック立命21会議室,2009.
- 佐藤文俊,平野敏行, “生体分子の革新的シミュレーション:量子化学は農芸化学分野にどのように貢献できるか”, 日本農芸化学会2009年度大会,福岡国際会議場・マリンメッセ福岡,2009.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “28aVC-3 “水溶液中での分子間平均力ポテンシャルの解析手法とその有効性について””,日本物理学会 第64回年次大会,立教学院池袋キャンパス,2009.
- 福井宗平,平野敏行,鈴木教之,佐藤文俊,長尾宏隆, “エチルビス(2-ピリジルエチル)アミンルテニウム錯体生成反応におけるC-H活性化”, 日本化学会第89春季年会(2009),日本大学理工学部船橋キャンパス,2009.
- 石川健太郎,平野敏行,上村典子,佐藤文俊, “代表的な交換相関汎関数によるタンパク質電子状態の研究”, 第12回理論化学討論会,東京大学本郷キャンパス武田先端知ビル武田ホール,2009.
- 佐藤文俊, “密度汎関数計算プログラムProteinDFによる大規模分子軌道計算と将来展望”, 生体分子化学計算セミナー:計算化学の可能性と現状,HPCシステムズ株式会社タイム24ビル1階セミナールーム1,2009.
- Naoki Tsunekawa,Fumitoshi Sato, “Toward a precise calculation of free energy for a biomolecular system with molecular dynamics simulations”, 次世代生命体・ナノ合同ワークショップ,理化学研究所横浜,2009.
- Nishino-Uemura,T.Hirano,F.Sato , “High efficiency technique for all electron calculation of huge protein”, 次世代生命体・ナノ合同ワークショップ,理化学研究所横浜,2009.
- 平野敏行,佐藤文俊, “ProteinDFの開発と大規模タンパク質量子化学計算”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ「ペタフロップスコンピューティングに向けた生体高分子シミュレーションの最前線」,東京大学生産技術研究所 An棟 An401・402,2009.
- 上村典子,平野敏行,佐藤文, “俊効果的なタンパク質の全電子計算法の開発”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ「ペタフロップスコンピューティングに向けた生体高分子シミュレーションの最前線」,東京大学生産技術研究所 An棟 An401・402,2009.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “タンパク質系の高精度自由エネルギー計算手法の研究”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ「ペタフロップスコンピューティングに向けた生体高分子シミュレーションの最前線」,東京大学生産技術研究所 An棟 An401・402,2009.
- Hirano, N. Tsunekawa, N. Nishino-Uemura, Y. Nishimura, F. Sato , “All-electron DFT Study of the Photosynthesis Reaction Centre in the Rhodobacter Sphaeroides”, 13th International Conference on the Application of Density Functional Theory in Chemistry and Physics (DFT09),La Doua Scientific - Campus,2009.
- Nishimura, “Progress in Integrated Environment for Quantum Chemical Simulation of Biomolecules: ProteinEditor”, 13th International Conference on the Application of Density Functional Theory in Chemistry and Physics (DFT09),La Doua Scientific Campus,2009.
- Nishino-Uemura, T. Hirano, F. Sato, “ The Study of Quasi-Canonical Localized Orbital Method for Huge Canonical Molecular Orbital Calculation”, 13th International Conference on the Application of Density Functional Theory in Chemistry and Physics (DFT09),La Doua Scientific Campus,2009.
- Kouji Chiba,Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato,Masahiro Okamoto, “Full Quantum Calculation of Horse Heart Carbonmonoxy Myoglobin”, 13th International Conference on the Application of Density Functional Theory in Chemistry and Physics (DFT09),La Doua Scientific Campus,2009.
- 平野敏行、上村(西野)典子、恒川直樹、西村康幸、佐藤文俊, “光合成反応中心タンパク質複合体の密度汎関数計算”, 第3回分子科学討論会2009名古屋,名古屋大学東山キャンパス(名古屋氏千種区不老町),2009.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “タンパク質系での高精度な自由エネルギー解析”, 第3回分子科学討論会2009名古屋,名古屋大学東山キャンパス(名古屋氏千種区不老町),2009.
- 石川健太郎,平野敏行,上村典子,佐藤文俊,西堀英治, “主要な交換相関汎関数によるputative acylphosphataseの全電子密度汎関数計算”, 第3回分子科学討論会2009名古屋,名古屋大学東山キャンパス(名古屋氏千種区不老町),2009.
- 阿部敏彦,平野敏行,石川健太郎,佐藤文俊, “タンパク質全電子計算におけるSchwegler-Challacombeフォック交換項計算加速の検証”, 第3回分子科学討論会2009名古屋,名古屋大学東山キャンパス(名古屋氏千種区不老町),2009.
- Toshiyuki Hirano, fumitoshi Sato , “All-electron wavefunction calculation on proteins”, 第47回日本生物物理学会年会,徳島文理大学 徳島キャンパス・アスティとくしま,2009.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “タンパク質系における再重法による高精度自由エネルギー計算”, 次世代生命体統合PJ分子スケールワークショップ,横浜,2010.
2008(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊,恒川直樹,吉廣保,平野敏行,井原直樹,柏木浩著,柏木浩監修, “タンパク質密度汎関数法”, 森北出版, 2008.
- 上村典子,佐藤文俊,恒川直樹,西村康幸,平野敏行,吉廣保,甘利真司,加藤昭史,小林将人,田中成典,中野達也,福澤薫,望月祐志著,佐藤文俊,中野達也,望月祐志編, “プログラムで実践する 生体分子量子化学計算 ProteinDF/ABINIT-MPの基礎と応用”, 森北出版, 2008.
- 佐藤文俊, “タンパク質量子化学計算”, 超ペタスケール・コンピューティング,2008.
- 佐藤文俊, “密度汎関数法によるタンパク質全電子シミュレーション”, 東大情報基盤センター・特集号,2008.
- 佐藤文俊, “密度汎関数法に基づくタンパク質全電子計算プログラムProteinDFの現状と今後の展望”, Comput. Chem. Jpn. 6 ,pp145-158,2007.
- 千葉貢治,平野敏行,佐藤文俊,岡本正宏, “密度汎関数法による馬心筋一酸化炭素ミオグロビン活性中心モデル計算- 遠位ヒスチジンが電子状態に及ぼす影響 -, Comput. Chem. Jpn. 7,pp 165,2008.
- 佐藤文俊, “生体分子量子シミュレーションと今後の展開”, 日本計算工学会学会,2008.
2008(学会等における口頭・ポスター発表)
- Fumitoshi Sato, Toru Inaba, Noriko Nishino-Uemura, Yasuyuki Nishimura, Tamotsu Yoshihiro, Naoki Tsunekawa, Naoki Ihara, Toshiyuki Hirano, “Development of Quantum Chemical Simulation System for Proteins; “ProteinDF””, GCOE,2008.
- 佐藤文俊, “タンパク質の量子シミュレーション :現状と将来”, 秋田大学バイオサイエンス教育・研究センター 福祉医療工学部門セミナー,秋田,2008.
- 佐藤文俊, “タンパク質密度汎関数計算ソフト ProteinDFシステムの研究開発成果”, 文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」成果報告会,東京大学生産技術研究所コンベンションセンター,2008.
- 佐藤文俊,平野敏行, “タンパク質密度汎関数計算 :現状と将来展望”, 日本農芸化学会2008年度大会,名城大学天白キャンパス,2008.
- 千葉貢治,岡本正宏,平野敏行,佐藤文俊, “密度汎関数法による一酸化炭素結合型ミオグロビンの全電子計算”, 日本コンピュータ化学会2008春季年会,東京工業大学大学院社会理工学研究科棟,2008.
- 湯川英宜,平野敏行,佐藤文俊, “タンパク質全電子計算で得られる静電ポテンシャルの高速な計算手法の開発”,日本コンピュータ化学会2008春季年会,東京工業大学大学院社会理工学研究科棟,2008.
- Yasuyuki Nishimura, Tamotsu Yoshihiro, Fumitoshi Sato, “ProteinEditor: An Integrated Environment for Quantum Chemical Simulation of Biomolecules”, The 1st International Workshop on Super Visualization Greece,Kipriotis Hotel Island of Kos Aegean Sea Greece,2008.
- Fumitoshi Sato, “ProteinDF(Molecular Scale)”, 次世代生命体統合 合同ワークショップ,理研和光キャンパス,2008.
- Yasuyuki Nishimura, Tamotsu Yoshihiro, Naoki Tsunekawa, Fumitoshi Sato, “ProteinEditor: Graphical User Interface for Molecular Simulation”, 次世代生命体統合 合同ワークショップ,理研和光キャンパス,2008.
- Noriko Uemura,Fumitoshi Sato, “Study of all-electron calculation on protein using Quasi-Canonical Localized Orbital Method”, 次世代生命体統合 合同ワークショップ,理研和光キャンパス,2008.
- 恒川直樹,伊藤宏比古,湯川英宜,平野敏行,佐藤文俊, “新しい自由エネルギー計算に向けて -量子状態計算の取り込みー”, 次世代生命体統合シミュレーション研究開発プロジェクト 分子スケール研究開発チーム成果発表,理化学研究所(和光)研究本館5階会議室(535/537),2008.
- 平野敏行, “ProteinDFの超並列化戦略”, 次世代生命体統合シミュレーション研究開発プロジェクト 分子スケール研究開発チーム成果発表,理化学研究所(和光)研究本館5階会議室(535/537),2008.
- 西村康幸,吉廣保,佐藤文俊, “タンパク質量子化学計算システムのための統合環境の開発”, 東京大学生命科学研究ネットワークシンポジウム2008,東京大学安田講堂,2008.
- 恒川直樹,伊藤宏比古,湯川英宜,平野敏行,佐藤文俊 “インスリン2量体間の平均力ポテンシャル”, 第2回分子科学討論会2008福岡,福岡国際会議場,2008.
- 千葉貢治,平野敏行佐藤文俊,岡本正宏, “一酸化炭素ミオグロビンの全電子計算”, 第2回分子科学討論会2008福岡,福岡国際会議場,2008.
- 平野敏行,上村(西野) 典子,恒川直樹,西村康幸,佐藤文俊, “全電子密度汎関数計算による光合成反応中心タンパク質複合体の理論的研究”, 第2回分子科学討論会2008福岡,福岡国際会議場,2008.
- 湯川英宜,平野敏行,恒川直樹,佐藤文俊, “GPUによる量子化学計算に基づく高速静電ポテンシャル計算の研究”, 第2回分子科学討論会2008福岡,福岡国際会議場,2008.
- 上村(西野)典子,平野敏行,佐藤文俊, “巨大カノニカル分子軌道計算のための擬カノニカル局在化軌道法の改良”, 第2回分子科学討論会2008福岡,福岡国際会議場,2008.
- 石川健太郎,上村典子,平野敏行,佐藤文俊, “Study of All-electron Calculation of Putative Acylphosphatase Using Structure-based QCLOs method”, CBI学会2008年大会,学術総合センター一橋記念講堂他東京,2008.
- Yasuyuki Nishimura, Hidenori Yukawa, Toshiyuki Hirano, Fumitoshi Sato, “Calculation of QM Electrostatic Potential on Protein Surface”, CBI学会2008年大会,学術総合センター一橋記念講堂他東京,2008.
- 佐藤文俊, “タンパク質の全電子計算と将来展望”, QMSセミナー,早稲田大学大久保キャンパス63号館6階07室,2008.
- 平野敏行,上村(西野) 典子,恒川直樹,西村康幸,千葉貢治,岡本正宏,佐藤文俊, “タンパク質全電子シミュレーションシステムの開発”, 次世代スーパーコンピュータプロジェクト「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウムバイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008 ~- 新たな学問領域の創成に向けて~,MY PLAZAホール ,2008.
- 佐藤文俊, “「次世代生命体統合シミュレー ションソフトウェアの研究開発」 分子スケール: 全電子計算に基づくタンパク質 反応シミュレーションの研究”, 次世代スーパーコンピュータプロジェクト「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウムバイオスーパーコンピューティング・シン- ポジウム(BSCS)2008 ~新たな学問領域の創成に向けて~,MY PLAZAホール ,2008.
- 佐藤文俊, “タンパク質全電子計算と薬剤設計”, R-GIROシンポジウム”アンチセンスRNAによる発現調節機構と創薬への応用”,BKCエポック立命21会議室,2009.
- 佐藤文俊,平野敏行, “生体分子の革新的シミュレーション:量子化学は農芸化学分野にどのように貢献できるか”, 日本農芸化学会2009年度大会,福岡国際会議場・マリンメッセ福岡,2009.
- 恒川直樹,佐藤文俊, “水溶液中での分子間平均力ポテンシャルの解析手法とその有効性について”, 日本物理学会 第64回年次大会,立教学院池袋キャンパス,2009.
- 福井宗平,平野敏行,鈴木教之,佐藤文俊,長尾宏隆, “エチルビス(2-ピリジルエチル)アミンルテニウム錯体生成反応におけるC-H活性化”, 日本化学会第89春季年会(2009),日本大学理工学部船橋キャンパス,2009.
2007(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Toru Inaba, Naoki Tsunekawa, Toshiyuki Hirano, Tamotsu Yoshihiro, Hiroshi Kashiwagi , “All-Electron DFT Study of Insulin Hexamer Aggregation”, Journal of the American Chemical Society submitting,2007.
- 佐藤文俊,稲葉亨, “タンパク質の全電子計算シミュレーションの発展”, 化学工業,58,No.2,p.19-23,2007.
- 西村康幸,吉廣保,佐藤文俊, “タンパク質全電子計算のためのGUI・ProteinEditor”, 生産研究 「工学とバイオ」特集号,59巻2号,2007.
- 西村康幸,吉廣保,佐藤文俊, “すぐそこの未来(6)そこにない物に“触る”技術”, 日経TRENDY特集,2007.
2007(学会等における口頭・ポスター発表)
- 恒川直樹,伊藤宏比古,佐藤文俊, “分子動力学法によるヒトインスリン二量体の安定性の解析”, 日本物理学会 2007年春季大会,鹿児島大学,鹿児島,2007.
- 伊藤宏比古,恒川直樹,佐藤文俊, “ヒトインスリンのワイルドタイプとアスパルトのダイナミクス比較”, 日本物理学会 2007年春季大会,鹿児島大学,鹿児島,2007.
- 柏木浩, “密度汎関数法による蛋白質計算の将来”, 分子系の構造と電子状態ー「生物物質科学」を目指して,理化学研究所 鈴木梅太郎記念ホール,2007.
- 佐藤文俊,稲葉亨,井原直樹,恒川直樹,西野典子,西村康幸,平野敏行,吉廣保,柏木浩, “ProteinDFシステムによるタンパク質電子構造解析”, 第10回理論化学討論会,名古屋大学 野依記念学術交流館,2007.
- 伊藤宏比古,恒川直樹,佐藤文俊, “ヒトインスリン二量体のダイナミクス解析”, 第10回理論化学討論会,名古屋大学 野依記念学術交流館,2007.
- 石川寛人,西村康幸,吉廣保, “佐藤文俊タンパク質構造変動に伴うポケット形状変化の動的表示”, 第10回理論化学討論会,名古屋大学 野依記念学術交流館,2007.
- 平岡克章,井原直樹,平野敏行,佐藤文俊, “交換相関ポテンシャル計算高精度化に向けた単中心積分数値計算法の研究”, 第10回理論化学討論会,名古屋大学 野依記念学術交流館,2007.
- Toshiyuki Hirano,Toru Inaba,Fumitoshi Sato, “Evaluation of Hybrid Functional for All-Electron Calculations on Proteins”, Twelfty International Conference on the Applicaions of Density Functional Theory Royal Tropical Institute ,Amsterdam,2007.
- Noriko Nishino,Toshiyuki Hirano,Fumitoshi Sato , “Improvemet of the Quasi-Canonical Localized Orbital Method Based on Protein Structures”, Twelfty International Conference on the Applicaions of Density Functional Theory Royal Tropical Institute ,Amsterdam,2007.
- Naoki Ihara,Fumitoshi Sato , “The Fust Multipole Method in Quantum Chemistry : A Semi-Classical Approach”, Twelfty International Conference on the Applicaions of Density Functional Theory Royal Tropical Institute ,Amsterdam,2007.
- 井原直樹,佐藤文俊, “Gauss型基底関数を用いた量子化学計算における高速多重極展開法の改良”, 第1回分子科学討論会2007,東北大学 川内北キャンパス,仙台,2007.
- 平野敏行,佐藤文俊, “ハイブリッド汎関数を用いたタンパク質全電子密度汎関数計算”, 第1回分子科学討論会2007,東北大学 川内北キャンパス,仙台,2007.
- 恒川直樹,伊藤宏比古,佐藤文俊, “ヒトインスリン二量体の安定性に対する水溶媒の効果”, 第1回分子科学討論会2007,東北大学 川内北キャンパス,仙台,2007.
- 伊藤宏比古,恒川直樹,佐藤文俊, “ヒトインスリンミュテーションによる二量体の安定性解析”, 第1回分子科学討論会2007,東北大学 川内北キャンパス,仙台,2007.
- 西村康幸,吉廣保,井原直樹,佐藤文俊, “タンパク質量子化学計算のための分子モデリング環境の構築”, 第1回分子科学討論会2007,東北大学 川内北キャンパス,仙台,2007.
- 恒川直樹,伊藤宏比古,佐藤文俊, “ヒトインスリン二量体の安定性の自由エネルギー解析”, 日本物理学会 年次大会・秋季(春季)大会,北海道大学札幌キャンパス,北海道,2007.
- 伊藤宏比古,恒川直樹,佐藤文俊, “ヒトインスリンのミュテーションに対する立体構造の安定性変化の解析”, 日本物理学会 年次大会・秋季(春季)大会,北海道大学札幌キャンパス,北海道,2007.
- 井原直樹,佐藤文俊, “A New Implementation of a Fast Multipole Method in Quantum Chemistry”, CBI学会2007年大会,広島大学サタケメモリアルホール,広島,2007.
- 石川寛人,西村康幸,吉廣保,佐藤文俊, “Study on Dynamic Representation of Pocket Shape According to the Protein Structural Change”, CBI学会2007年大会,広島大学サタケメモリアルホール,広島,2007.
- 西村康幸,吉廣保,井原直樹,佐藤文俊, “Development of the molecular modeling environment for quantum chemical calculations of protein”, CBI学会2007年大会,広島大学サタケメモリアルホール,広島,2007.
- 佐藤文俊,平野敏行, “ハイブリッド汎関数によるタンパク質全電子密度汎関数計算”, CBI学会2007年大会,広島大学サタケメモリアルホール,広島,2007.
2006(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- 佐藤文俊, “電子状態計算 electronic state calculation”, バイオインフォマティクス事典,2006.
- Toru Inaba, Naoki Tsunekawa, Toshiyuki Hirano, Tamotsu Yoshihiro, Hiroshi Kashiwagi, Fumitoshi Sato, “Density functional calculation of the electronic structure on insulin hexamer”, Chemical Physics Letters ,434,331–335,2007.
- Toru Inaba, Fumitoshi Sato, “Development of Parallel Density Functional Program Using Distributed Matrix to Calculate All-Electron Canonical Wavefunction of Large Molecules”, Journal of Compututatioal Chemistry ,28, pp.,2007.
- 佐藤文俊, 稲葉亨, “タンパク質の全電子計算シミュレーションの発展”, 化学工業,pp.,2007.
2006(学会等における口頭・ポスター発表)
- 佐藤文俊, “創薬の新基盤技術を目指したタンパク質量子化学シミュレーション:研究紹介と中期ビジョン”, 第3回QuLiSシンポジウム,広島大学,広島,2006.
- Fumitoshi Sato, Toshiyuki Hirano, Naoki Ihara, Yasuyuki Nishimura, Noriko Nishino, Naoki Tunekawa, Tamotsu Yoshihiro, Hiroshi Kashiwagi, So Koike, Tamio Nishimura, Masahiro Sato, Hideaki Koike, Toru Inaba, “All-Electron Based Simulation System for Protein Reaction”, XIIth International - Congress of Quantum Chemistry,京都テルサ,京都,2006.
- 佐藤文俊, “タンパク質の量子化学シミュレーション”, ISMオープンフォーラム,統計数理研究所,東京,2006.
- Toru Inaba, Fumitoshi Sato, “Development of Parallel Density Functional Program Using Distributed Matrix for Large Molecules”, 1st European Chemistry Congress,the ELTE Convention Centre Budapest, Hungary,2006.
- 佐藤文俊, “創薬・バイオ新基盤技術開発に向けた タンパク質反応全電子シミュレーション”, 文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発第1回「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウム,東大生産技術研究所,東京,2006.
- 佐藤文俊, “生命現象シミュレーションへの全体取り組み方針”, 文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発第1回「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」シンポジウム,東大生産技術研究所,東京,2006.
- 佐藤文俊, “創薬・バイオ新基盤技術開発に向けた タンパク質反応全電子シミュレーション”, 文部科学省次世代IT基盤構築のための研究開発「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」ワークショップ(第5回) ―生命現象シミュレーション ―,東大生産技術研究所,東京,2006.
- 稲葉亨,佐藤文俊, “密度汎関数法によるタンパク質電子状態解析プログラムProteinDFの並列化方法とその性能”, 第14回CCSEワークショップ,日本原子力研究開発機構システム計算科学センター,東京,2006.
- 佐藤文俊,稲葉亨,井原直樹,恒川直樹,西野典子,西村康幸,平野敏行,吉廣保,柏木浩,”RI密度汎関数法の新しい並列化方法とその性能”, 分子構造総合討論会2006,グランシップ(静岡県コンベンションアーツセンター),静岡,2006.
- 佐藤文俊,稲葉亨,井原直樹,恒川直樹,西野典子,西村康幸,平野敏行,吉廣保,柏木浩, “大規模密度汎関数法の並列化方法とインスリン6量体の電子構造”, 第29回情報化学討論会,朱鷺メッセ,新潟,2006.
2005(学会誌・雑誌等における論文掲載)
- Toru Inabaa, Hiroshi Kashiwagi, Fumitoshi Sato, “An All-Electron Calculation on Insulin Hexamer by the Density Functional Program ProteinDF”, WATOC05, ES-P30,2005.
- 佐藤文俊, “「戦略的基盤ソフトウエアの開発」タンパク質全電子計算ソフトウエアProteinDFとは何モノか”, 化学経済,52,No.5 ,pp.124-129,2005.
- 佐藤文俊, “密度汎関数法によるタンパク質の全電子計算”, 月刊「化学工業」,56,No.5 ,pp.347-352,2005.
- 柏木浩, “光合成とタンパク質量子化学計算”, 月刊「化学工業」,56,No.5,pp.341-346,2005.
- 柏木浩, “タンパク質という半導体の全電子計算-シリコンとタンパク質はどちらがタフか?-“, 固体物理,40,No.8,pp.57-64,2005.
2005(学会等における口頭・ポスター発表)
- 佐藤文俊, “タンパク質の丸ごと量子化学計算:現状と将来”, 理研シンポジウム 構造生物学X~これからの構造生物学における新ツール~,理化学研究所播磨研究所,東京,2005.
- 佐藤文俊, “タンパク質の丸ごと精密量子計算が切り拓く新世界”, 日本SGIソリューション・キュービック・フォーラム 2005Life Science Forum,ウェスティンホテル東京,東京,2005.
- 佐藤文俊, “新しい創薬設計基盤:タンパク質丸ごと量子化学計算の現状と将来”, 第14回ライフサイエンス天城セミナー,IBM天城ホームステッド,東京,2005.
- 佐藤文俊, “タンパク質全電子計算の意義・現状・将来”, 第4回理研HPC研究会,理化学研究所和光研究所,東京,2005.
- 佐藤文俊, “タンパク質全電子計算による新しいバイオ研究”, 工学とバイオ,東大生研,2005.
- Toru Inaba, Fumitoshi Sato, “All-electron density functional calculation of insulin”, 第1回北海道大学創成科学共同研究機構国際シンポジウム:計算科学と神経科学/第三回北大シミュレーションサロンワークショップ,北海道大学,北海道,2005.
- 佐藤文俊, “タンパク質全電子計算による新しいバイオ研究”, 研究集会「生命量子科学」,総合研究大学院大学葉山高等研究センター,2005.
- 佐藤文俊, “次世代量子化学計算システム”, 文部科学省 IT プログラム「戦略的基盤ソフトウエアの開発」成果報告会,東大生研,東京,2005.